В писцовых книгах сообщается: "За Тимофеем за Ораповым сыном Биреева, а Тимофей 9 лет... пустошь Дубачинска, на речке на Дубачинке, а в ней место дворовое помещиково, да 4 места дворов людских, да 9 мест дворовых крестьянских пусты, хоромы на них пожгли крымские люди".

     В 1960-х годах деревня Дубачино была зачислена в неперспективные и постепенно начала пустеть. В настоящее время в деревне размещается садово-огородное товарищество города Пущино.